La cueva de Motacusito del Área Protegida Municipal, es un sitios de Importancia para la Conservación de los Murciélagos (SICOMs). Se diferencian de las AICOMs Áreas de Importancia para la Conservación de los Murciélagos en que son lugares más pequeños y puntuales. Presentan poblaciones de murciélagos de interés para la conservación; pueden ser cuevas, cuerpos de agua, sitios de forrajeo importantes (parques u otros) o construcciones antrópicas (casas, puentes, túneles, minas abandonadas, etc.). Se debe promover su protección, cuidado, acondicionamiento y manejo.
Cada país puede establecer AICOMs y SICOMs para asegurar la conservación de murciélagos en su territorio. Se reconocerá las áreas y sitios siempre y cuando cumplan uno o más de los siguientes criterios:
- Criterio 1. El área contiene especies de preocupación de conservación nacional o regional.
- Criterio 2. Contiene refugios usados para una o más especies de preocupación de conservación.
- Criterio 3. El área contiene una gran riqueza de especies, independientemente de su nivel de amenaza.
Cueva de Motacucito como SICOM, por contener especies de interés de conservación nacional y regional; el sitio se caracteriza por ser un refugio cavernícola para especies que la utilizan de manera permanente durante parte significativa de su ciclo de vida, como Natalus macrourus, considerada Vulnerable para Bolivia y Carollia perspicillata, importante dispersor de semillas en los bosques bolivianos y chiquitanos. Ambas especies (N. macrourus y C. perspicillata) cumplen un rol importante en el funcionamiento ecosistémico, no solo de la cueva sino también para el área, en su interacción tierra, aire, agua, el control de mosquitos, dispersión de semillas y depositores continuos del guano en la cueva. Adicionalmente dentro de la cueva existe una pequeña población de Desmodus rotundus que convive con ambas especies. La colonia de N. macrourus al interior de la cueva es relativamente pequeña y en algunas visitas es difícil poder ubicarlas.